圣保罗大学设置的学院有：
圣保罗市学区：
艺术，科学和人文科学学院（EACH）
通讯及艺术学院（ECA）
体育教育及运动学院（EEFE）
护理学院（EE）
理工学院（POLI）
建筑与城市规划学院（FAU）
药学学院（FCF）
法律学院（FD）
经济，管理和会计学院（FEA）
教育学院（FE）
哲学，文学及人文科学学院（FFLCH）
医学院（FM）
兽医和动物科学学院（FMVZ）
牙医学院（FO）
公共卫生学院（FSP）
天文，地球物理和大气科学研究所（IAG）
生物科学研究所（IB）
生物医学科学研究所（ICB）
能源与环境研究所（IEE）
高级研究所（IEA）
巴西研究所（IEB）
物理研究所（IF）
地球科学研究所（IGC）
数学与统计研究所（IME）
圣保罗热带医学研究所（IMT）
心理研究所（IP）
化学研究所（IQ）
国际关系研究所（IRI）
海洋研究所（IO）
Bauru市学区：
Bauru牙医学院（FOB）
So Carlos市学区：
So Carlos工程学院（EESC）
建筑与城市规划学院（IAU）
数学与计算机科学学院（ICMC）
So Carlos物理研究所（IFSC）
So Carlos化学研究所（IQSC）
Lorena市学区：
Lorena市工程学院（EEL）
Piracicaba市学区：
农业应用核能中心（CENA）
Luiz de Queiroz高等农业学院
Pirassununga市学区：
动物科学与食品工程学院（FZEA）
Ribeiro Preto市学区：
Ribeiro Preto体育教育及运动学院（EEFERP）
Ribeiro Preto护士学院（EERP）
Ribeiro Preto药学部（FCFRP）
Ribeiro Preto法学院（FDRP）
Ribeiro Preto经济学，管理及会计学院（FEARP）
Ribeiro Preto哲学，文学及人文科学学院（FFCLRP）
Ribeiro Preto医学院（FMRP）
Ribeiro Preto牙医学院（FORP）
