借助日内瓦国际组织众多的便利条件，日内瓦大学与日内瓦的众多国际组织和非政府组织发展合作关系。通过与诸如国际劳工组织（ILO）、世界卫生组织（WHO）和联合国以及国际高等教育学院、Bossey神学院等建立的共同项目，各项研究得到卓有成效的开展。此外，日内瓦国际大学网络（Réseau universitaire international de Genève） 专门负责研究人员与各国际组织在人权、可持续发展等议题上的合作。
与瑞士法语区其他大学的交流方面，日内瓦大学提供经济学、药学、生物医学、心理学、文学、人类生态学和环境科学、社会学等学科的校际高学历教育。
